1571年9月30日（元亀2年9月12日）、織田信長軍が比叡山を攻撃しました。前年の志賀の陣では浅井・朝倉連合軍が比叡山周辺へ進出し、延暦寺も反信長の立場を明確にしました。朝廷の仲介で信長と浅井・朝倉氏は一時和睦しましたが、延暦寺との対立は解消されないままでした。
織田軍は山麓の坂本から日吉社、山上の延暦寺へ攻め進み、堂塔や町家を焼きました。僧侶だけでなく、山内や坂本に暮らした人々も犠牲になったと伝わります。被害人数は史料によって大きく異なり、発掘調査を踏まえた焼失範囲の検討も続いているため、特定の数字をそのまま確定値とすることはできません。それでも、比叡山の宗教施設と山麓社会が壊滅的な被害を受けたことは確かです。
焼き討ち後、信長は志賀郡を明智光秀に与えました。光秀は琵琶湖交通と京都への道を押さえる坂本に城を築き、この地域を織田政権の近江支配の拠点へ組み替えます。延暦寺の本格的な再興は信長死後に進み、豊臣秀吉や徳川将軍家の援助を受けました。この攻撃は宗教勢力への軍事行動であると同時に、京都東北部と琵琶湖西岸の支配を再編する転機でもありました。
